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Research Highlights

SIDR: simultaneous isolation and parallel sequencing of genomic DNA and total RNA from single cells.

  • Han KY, Kim KT, Joung JG, Son DS, Kim YJ, Jo A, Jeon HJ, Moon HS, Yoo CE, Chung W, Eum HH, Kim S, Kim HK, Lee JE, Ahn MJ, Lee HO, Park D, Park WY.
  • Genome Res. 2018
  • 논문대표사진

연구 결과 소개:
본 연구는 단일 세포 (single cells) 유래의 DNA 와 RNA를 동시에 추출하여 차세대 유전체 분석 기술 (Next Generation DNA sequencing, NGS)에 적용, 하나의 세포를 이용하여 유전체 변이와 전사체 발현 변화의 직접적 상관 관계를 분석할 수 있는 기술을 개발함.

기존의 거대 세포 군집을 대상으로 한 연구는 조직 세포의 평균적 특성 파악에 집중되어 개별 세포의 다양한 이질적 특성 파악이 어려운 한계가 있었음. 최근 NGS 및 bioinformatics 기술의 발달로 하나의 세포에서 유전체 혹은 전사체를 분석할 수 있는 기술이 개발되어 개별 세포의 다양성에 대한 연구가 진행되고 있으나, 단일세포 유래의 유전체와 전사체를 동시에 분석하기 위한 시도는 기술적 한계에 의해 많은 연구가 성공하지는 못함.

삼성유전체연구소가 개발한 SIDR-seq (simultaneous isolation and parallel sequencing of genomic DNA and total RNA) 분석 방법은 세포 표면에 자성 비드를 부착하여 genomic DNA와 RNA를 물리적으로 분리하는 기술을 적용하였음. 유전 물질 간 교차 오염이나 유전 물질 손실 없이 높은 수율로 얻어진 DNA/RNA는 단일 세포 게놈 및 트랜스크립톰 시퀀싱 (single cell whole genome sequencing/whole transcriptome sequencing) 동시 분석에 활용 가능함. 본 연구에서 개발한 SIDR-seq 분석은 유전체, 전사체 이질성을 단일 세포 수준에서 분석할 수 있는 새로운 플랫폼을 제시하였으며, 향후 종양 단일세포의 유전체/전사체 통합 분석을 통한 다양한 연구 분야에 적용가능 할 것으로 기대 됨.

 

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